Dal Whole Genome Sequencing alla rintracciabilità: leggere il patrimonio genetico dei microrganismi permette di collegare casi apparentemente distanti e individuare più tempestivamente cluster e possibili fonti di contaminazione. Una nuova frontiera della sicurezza alimentare nella quale laboratorio, epidemiologia e controllo ufficiale diventano parti dello stesso sistema di prevenzione.
Un focolaio di origine alimentare può iniziare da episodi che, almeno in apparenza, non hanno nulla in comune.
Persone che vivono in città diverse. Sintomi comparsi a distanza di giorni. Acquisti effettuati in punti vendita differenti. Nessun collegamento immediatamente evidente.
Eppure dietro casi apparentemente indipendenti può nascondersi lo stesso microrganismo, proveniente dalla medesima fonte e distribuito attraverso una filiera capace di attraversare territori e confini.
Oggi la possibilità di confrontare il patrimonio genetico dei batteri offre alla sanità pubblica uno strumento estremamente potente per individuare queste connessioni.
È il Whole Genome Sequencing (WGS), il sequenziamento dell’intero genoma: una delle tecniche più avanzate di tipizzazione molecolare, capace di caratterizzare in maniera estremamente dettagliata il patrimonio genetico di un microrganismo e di confrontarlo con quello di altri isolati.
Una tecnologia che sta modificando profondamente il modo di investigare i focolai di origine alimentare e che, proprio nell’agosto 2026, ha compiuto un ulteriore passo verso la piena integrazione nel sistema europeo di sicurezza alimentare.
Dal nome del batterio alla sua “impronta genomica”
Identificare Salmonella, Listeria o Escherichia coli rappresenta un’informazione essenziale, ma nell’ambito di un’indagine epidemiologica può non essere sufficiente.
Occorre capire se i microrganismi isolati in casi differenti siano tra loro strettamente correlati.
Il WGS permette di compiere proprio questo salto di qualità.
Analizzando e confrontando i profili genomici dei batteri provenienti da persone infette, alimenti o altre matrici pertinenti, è possibile riconoscere correlazioni tra gli isolati, individuare cluster e fornire elementi utili alla ricerca della possibile origine dell’infezione.
EFSA evidenzia come il WGS abbia significativamente migliorato la capacità di individuare cluster di infezione, contribuire alla conferma delle fonti alimentari e comprendere origine e diffusione dei patogeni. La caratterizzazione genomica può inoltre fornire informazioni su geni associati alla patogenicità e alla resistenza agli antimicrobici.
Il DNA diventa, in altri termini, una sorta di traccia investigativa microbiologica.
Quando casi apparentemente lontani diventano un unico segnale
È probabilmente questo uno degli aspetti più affascinanti della genomica applicata alla sicurezza alimentare.
Più episodi verificatisi in territori differenti potrebbero inizialmente essere considerati indipendenti. Il confronto genomico può invece evidenziare isolati strettamente correlati e suggerire l’esistenza di un cluster che merita ulteriori approfondimenti.
A quel punto cambia la scala dell’indagine.
La domanda non riguarda più soltanto ciò che è accaduto al singolo paziente, ma ciò che potrebbe accomunare più casi: un alimento, una materia prima, un lotto, uno stabilimento, un processo produttivo o una rete distributiva.
In un mercato alimentare sempre più interconnesso, questa capacità assume una rilevanza particolare: uno stesso prodotto o ingrediente può infatti essere distribuito in numerosi territori e persino in diversi Stati.
Il dato genomico permette così di mettere in relazione elementi che la sola prossimità geografica non avrebbe necessariamente consentito di collegare.
Il DNA, però, non racconta tutta la storia
Proprio l’efficacia di questa tecnologia impone di chiarire un punto fondamentale.
Una correlazione genomica non sostituisce l’indagine epidemiologica e non dimostra, da sola, l’origine di un focolaio.
Il WGS offre un’evidenza estremamente potente, ma deve essere interpretato insieme agli altri elementi disponibili.
EFSA ed ECDC utilizzano infatti le informazioni contenute nel sistema europeo WGS congiuntamente alle evidenze epidemiologiche e di rintracciabilità, proprio con l’obiettivo di individuare le fonti dei focolai multistato e, in particolare, il possibile veicolo alimentare coinvolto.
Ed è qui che la genomica incontra concretamente il territorio.
Il laboratorio può indicare che determinati isolati presentano una stretta correlazione.
L’epidemiologia può individuare elementi comuni tra i casi.
Ma per comprendere come un alimento sia arrivato fino ai consumatori e dove possa essersi verificata la contaminazione, occorre ricostruire la filiera.
Fornitori, materie prime, lotti, stabilimenti, processi produttivi, date di lavorazione, distribuzione, destinazioni commerciali e documentazione di rintracciabilità diventano tasselli della stessa indagine.
La tecnologia, quindi, non riduce l’importanza dell’attività sul campo.
Ne aumenta il valore.
Genomica, epidemiologia e controllo ufficiale: tre informazioni che devono incontrarsi
La moderna indagine sui focolai di origine alimentare può essere letta come l’integrazione di tre dimensioni.
Il laboratorio caratterizza il microrganismo e ne definisce il profilo genomico.
L’epidemiologia studia i casi, le esposizioni e le possibili connessioni.
Il controllo ufficiale e la rintracciabilità consentono di ricostruire le filiere, acquisire evidenze e verificare sul territorio le possibili fonti della contaminazione.
È dall’incontro di queste informazioni che una sequenza genetica può trasformarsi in uno strumento per assumere decisioni di sanità pubblica.
Ed è forse proprio questa integrazione uno degli aspetti più significativi dell’evoluzione attuale della sicurezza alimentare: non soltanto produrre più dati, ma riuscire a metterli in relazione.
One Health WGS: un sistema europeo per collegare i dati
Questa impostazione ha già una concreta dimensione europea.
EFSA ed ECDC hanno sviluppato il One Health WGS system, operativo dal luglio 2022, costituito da due piattaforme interconnesse dedicate rispettivamente al settore della sicurezza alimentare e a quello della salute umana.
Le piattaforme raccolgono separatamente i dati genomici dei rispettivi settori, generano profili utilizzabili per analisi intersettoriali e scambiano automaticamente le informazioni necessarie alla ricerca delle corrispondenze.
Il sistema consente così di costruire banche dati di profili genomici provenienti da isolati umani e alimentari, individuare cluster, supportare in tempo reale le indagini su focolai che interessano più Paesi e rafforzare la collaborazione tra sicurezza alimentare e sanità pubblica.
È un’applicazione particolarmente concreta dell’approccio One Health: informazioni provenienti da settori differenti vengono integrate perché il rischio biologico non segue necessariamente i confini amministrativi, territoriali o professionali nei quali tradizionalmente organizziamo le attività di prevenzione.
Dal 23 agosto 2026 un nuovo quadro europeo
Il passaggio dalla possibilità tecnologica a un vero sistema strutturato di sorveglianza è stato ulteriormente rafforzato dal Regolamento di esecuzione (UE) 2025/179, relativo alla raccolta e trasmissione di dati analitici molecolari nell’ambito delle indagini epidemiologiche sui focolai di origine alimentare.
Il nuovo quadro è divenuto applicabile il 23 agosto 2026, introducendo specifici obblighi di condivisione dei dati WGS relativi ai patogeni interessati dalle indagini sui focolai.
La portata della novità è significativa: il sequenziamento genomico non viene più considerato soltanto una possibilità tecnico-scientifica avanzata, ma entra sempre più stabilmente nell’architettura europea di individuazione e gestione dei focolai alimentari.
Il nuovo sistema interessa, secondo il quadro normativo europeo, importanti patogeni batterici di origine alimentare, tra cui Salmonella enterica, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Campylobacter jejuni e Campylobacter coli.
Non è quindi soltanto una rivoluzione di laboratorio.
È una trasformazione del modo in cui informazioni microbiologiche, epidemiologiche e di filiera possono circolare e diventare patrimonio comune della risposta di sanità pubblica.
Individuare prima, non “prevedere” il futuro
Quando si parla di genomica e focolai è importante utilizzare con precisione anche le parole.
Il WGS non è uno strumento capace di prevedere con certezza dove e quando si verificherà una futura infezione alimentare.
La sua forza è diversa: aumentare la capacità del sistema di riconoscere tempestivamente relazioni tra isolati e cluster e di supportare l’individuazione delle possibili fonti, anche quando i casi sono geograficamente distanti.
Il sistema EFSA -.ECDC scambia infatti profili genomici e produce analisi che consentono agli esperti di identificare e valutare tempestivamente potenziali focolai.
La differenza non è soltanto terminologica.
Passare da un sistema che riconosce un fenomeno quando è ormai evidente a uno capace di intercettare più rapidamente segnali distribuiti significa guadagnare tempo per l’indagine e, quando le evidenze lo giustificano, per le conseguenti misure di gestione del rischio.
Roma 2026: dalla regolazione alla pratica
La centralità di questo cambiamento è stata confermata anche dalla terza edizione della conferenza EFSA “Science Meets Policy: From Regulation to Practice – Turning WGS into Action for Foodborne Outbreak Investigation”, tenutasi a Roma il 2 e 3 settembre 2026.
L’iniziativa ha riunito autorità competenti, istituzioni europee, laboratori di riferimento e rappresentanti del settore alimentare proprio per affrontare l’applicazione pratica del nuovo Regolamento (UE) 2025/179.
Significativamente, il programma ha previsto un approfondimento dedicato a evidenze, interpretazione e limiti del WGS, seguito da una sessione specificamente rivolta al nuovo quadro regolatorio europeo.
Un’impostazione che restituisce bene il principio sul quale deve fondarsi l’impiego di questi strumenti: innovazione tecnologica e rigore nell’interpretazione devono procedere insieme.
Il Tecnico della Prevenzione nella nuova intelligence della sicurezza alimentare
Questa evoluzione interessa direttamente anche il sistema dei controlli ufficiali e, con esso, le competenze dei Tecnici della Prevenzione nell’Ambiente e nei Luoghi di Lavoro impegnati nella sicurezza alimentare.
Non perché il Tecnico della Prevenzione debba trasformarsi in genetista o bioinformatico.
Il valore della sua competenza si colloca in un altro punto fondamentale della catena: contribuire, nell’ambito delle proprie attribuzioni e dell’organizzazione dell’autorità competente, a trasformare il segnale sanitario e microbiologico in un’indagine concreta sulla filiera.
Quando emerge un possibile cluster diventano determinanti attività proprie del sistema del controllo ufficiale: verifica della rintracciabilità, ricostruzione dei lotti e dei flussi commerciali, controllo dei processi produttivi, valutazione delle procedure di autocontrollo, campionamento, acquisizione delle evidenze, individuazione dei possibili punti di contaminazione e verifica delle misure adottate dall’operatore.
Il dato genomico può indicare dove cercare una connessione.
L’attività investigativa deve contribuire a comprendere che cosa quella connessione significhi nella realtà della filiera.
Dalla vigilanza alla prevenzione basata sull’integrazione dei dati
Il WGS rappresenta infine un esempio concreto di un cambiamento più generale che sta attraversando la prevenzione.
Alle tradizionali attività di vigilanza, controllo e risposta agli eventi si affianca progressivamente la possibilità di utilizzare quantità sempre maggiori di informazioni microbiologiche, epidemiologiche e di filiera per riconoscere segnali e orientare più tempestivamente gli approfondimenti.
Non significa sostituire l’esperienza professionale con il dato.
Significa mettere il dato al servizio della competenza professionale.
Il futuro della sicurezza alimentare appare quindi sempre più legato alla capacità di far dialogare discipline, professionisti e sistemi informativi differenti: microbiologia, epidemiologia, medicina veterinaria, igiene degli alimenti, laboratori, autorità competenti e professionisti del controllo ufficiale.
È in questa rete che la tecnologia esprime realmente il proprio potenziale.
Il DNA indica la traccia. La prevenzione ricostruisce il percorso.
Il sequenziamento dell’intero genoma ci permette oggi di osservare i microrganismi con una capacità di discriminazione impensabile fino a pochi anni fa.
Ma il messaggio forse più importante non riguarda soltanto la tecnologia.
Riguarda il metodo della prevenzione.
Il DNA può mostrare che tra due isolati esiste una relazione.
L’epidemiologia può verificare se esiste una relazione tra i casi.
La rintracciabilità può ricostruire il percorso dell’alimento.
Il laboratorio può confrontare le evidenze microbiologiche.
Il controllo ufficiale può verificare processi, luoghi e filiere.
Ed è soltanto quando questi elementi vengono messi insieme che un dato scientifico può trasformarsi in azione concreta a tutela della salute pubblica.
La nuova frontiera della sicurezza alimentare, quindi, non è soltanto leggere il genoma di un batterio.
È saper collegare quell’impronta a una storia, a una filiera e a un rischio reale, intervenendo con tempestività e appropriatezza.
Perché la tecnologia può rendere visibile una connessione che prima non riuscivamo a vedere.
Spetta alla prevenzione darle significato.
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